自元代实行土司制后，摩梭人居住区内的各土司画地为牢，占据要岭，常兴兵互相攻击，抢人抢物占地盘。

　　据《宣宗宣德实录·十卷》记载：明代，1425年12月(洪熙元年)，“四川盐井卫土官阿抄妻叶甲初谋杀土官板必他又，土官喇马非令妻舅劫掠禄得等村人畜，侵占地盘。云南丽江军民府长木彰聚众麽些、西番，劫掠民财。清令总兵黔国公木晟及云南、四川之司各委官抚谕，若梗玩不服，则发兵执之，从之。”

　　又据《六绍纪闻·会勘夷情·前卷》记载：1535年9月(嘉靖十四年)，“四川、云南布按二司分守金沧道左参政黄，整饰建昌兵备副使俞，帝管澜沧兵备金事章，为抚处夷情事，照得四川盐井卫左、右二所与云南丽、永二府，节年互争村寨构成仇杀，酿成边患，惨不可言。彼此架捏情词，屡经奏扰备行，两省委官经年抚断，执迷不服，劳费兵粮不可胜数”。

　　清代末期，土司贵族为抵制汉人，招用大批彝族人开垦荒地，土司贵族对其加倍克扣，致使民族矛盾不断加深，终于在1922年11月发生了黑彝暴乱。黑彝头人利用部族因土司苛压而愤恨的心理，发动暴乱，他们杀死了爪别土司，捣毁了土司府，并对各所土司进行了残酷打击，对其所属领地的各族人进行烧杀抢掠。致使百姓流离失所，无家可归，大量土地荒芜。

　　部族仇杀带来了“其惨状不可言”的后果，明后期，土司属民处于十分悲惨的境地。“麽些蛮，衣服只用麻布，俗甚俭约，饮食极为疏薄，一年收成所得，必须掺杂一半蔓菁(一种植物)才能维持食用。贫苦人家除盐之外不知别味，胯不掩膝，冬不重衣，卧无铺，夜则攒衣积火，各携叶席，袒襟环睡，反侧而烘腹背。”这就是部族仇杀中的摩梭人。

　　部族仇杀在古代各民族中时有发生，摩梭人也不例外，这也许就是人类在发展进程中一种难言的阵痛吧，叛乱之灾从明代开始，土司所属领地叛乱迭起，挑衅当朝政府，造成更加严重的灾难。1394年正月“左所叛贼贾哈喇犯北胜蒗蕖”。同年“麽西洞蛮寇打冲河西守堡，都督徐凯破之”。木氏“随都督(四川指挥使)瞿能出，徐讨平之，左所运粮至盐井卫交纳”。

　　1396年，徐凯等平卜木瓦寨，执贾哈喇送京师伏诛。397年，平息月鲁贴木儿叛乱，长达三年的贾哈喇叛乱结束。

　　1585年11月(万历十三年)，少数民族首领叛乱，副使(招讨使)周光镐领兵渡泸(雅砻江)，征盐井马喇兵2000人，平息叛乱。

　　清代1701年(康熙四十年)，南起金沙江，北到大渡河，大小土司群起叛乱。1710年(康熙四十九年)，清军到盐井卫，各所土司皆畏威投诚。清朝政府授封前明左、中、右千户所仍为千户所，新封古柏树千户所。后降前、后千户所为百户所。1719年(康熙五十八年)，  “左所喇汝窝叛清，盐井卫守备李启龙战死”。

　　1725年(雍正三年)，  “云南总督鄂尔泰遣游击徐成员等率兵助四川总兵赵儒征剿四川左所喇汝窝，擒杀甚多，余皆降服，各撤兵回营。”

　　1726年(雍正四年)，盐井卫丫马车再次叛乱，阻断驿道、焚烧关堡。川陕总督岳钟棋、四川提督黄廷桂调建昌镇标属官九员、兵八百，并属喇汝窝各土司所属士兵干余人讨伐。死亡甚多。

　　1728年(雍正六年)，清军开进左所(泸沽湖)水寨擒获喇汝窝。

　　1732年3月(雍正十年)，紫柴岩划儿期堡莫狡(摩梭)赋番擅杀厂商，负因为逆。四川提督黄廷桂调建昌总兵赵儒率兵平息。

　　叛乱同战争、饥饿一样，给摩梭人带来了巨大的灾难。从历史中走来的女儿国饱经战乱与饥饿的苦难，它在岁月中告别了血与火的昨天。