佛教是在13世纪传入泸沽湖地区的，摩梭村寨内外飘扬的彩色经幡、村中的玛尼堆及摩梭人居所中的经堂等就是信奉佛教的象征。佛教的传人对女儿国来说是一次较具影响力的文化传人，它对这块土地上的人们产生了巨大的影响。

　　佛教在这里有黑、黄两大教。黑教，带有许多自然崇拜的成分，其创始人是敦巴辛绕，他主张万物有灵。左所喇踏黑教喇嘛经堂，就是黑教在此兴盛时的产物。

　　黄教，是藏传佛教中最具影响力的一支，创始人是宗喀巴。其教义是“缘起性空”，意思是一切法的产生都是有缘由的，一切都是从众缘而生。这一教派要求僧人持守‘五戒”、  “六度”和“四摄”。其中五戒是不杀生；不偷盗；不奸淫；不诳语；不饮酒。持守戒律是修行的最高信建于明代的扎美寺是永宁地区最大的寺庙，它由正殿和左、右配殿构成，建筑群落布局壮观，寺庙内金碧辉煌，香烟弥漫，经声不绝。这是女儿国最大的古代建群，它标志着摩梭人高超的建筑艺术。

　　佛教由西藏传人以后，摩梭人在信奉达巴教的同时，也信奉佛教，两种教并存。摩梭人凡在祭招礼仪活动中，都要请达巴和喇嘛念经作法。

　　在摩梭人的眼中，喇嘛的社会地位比较高。家中有两个儿子以上的，都要送一个儿子去当喇嘛，有的远去西藏和印度深造。黑、黄两教的喇嘛与达巴一样都可以结交“阿肖”，进行走婚，喇嘛和达巴备受女人的青睐。

　　在女儿国，宗教是在摩梭土司的统治下进行的，政权高于神权，也就是说神权不能凌驾于政权之上。摩梭土司在这里有着至高无上的权力。这是“政教合一”呢?还是“政教并立”呢?

　　女儿国的确是神秘的，宗教又给它披上了一层神秘的外衣，由神秘走向神秘。